In Contra Commando wordt het team geconfronteerd met de chaos in het Rusland van nu. Tegengewerkt door criminele en reactionaire machtsblokken - de meedogenloze maffia, de ultrarechtse nationalisten en de neo-tsaristen tracht de Russische president een nieuwe democratische orde op te bouwen. Ter bestrijding van deze machtige krachten wordt het Op-Center-team ingezet. Een zware taak, temeer daar al snel blijkt dat deze zelfde krachten over een goedgeorganiseerde, nietsontziende contra-organisatie beschikken...